Dwie kultury dynamiki molekularnej

Dynamika molekularna symuluje ruch atomów, daj¿c nadziej¿ na stworzenie atomistycznego filmu przedstawiaj¿cego cz¿steczki ¿ycia - jednak w niniejszej ksi¿¿ce argumentuje si¿, ¿e pocz¿tkowe obietnice tej dziedziny wyprzedzi¿y jej praktyczne zastosowanie. Pola si¿owe, czyli empiryczne parametry stanowi¿ce podstaw¿ kädej symulacji, s¿ teoriami efektywnymi, zweryfikowanymi na prostych uk¿adach, ale stosowanymi w z¿o¿onej biologii. Próbkowanie, czyli wyzwanie zwi¿zane z badaniem istotnych konformacji, nadal stanowi luk¿ rz¿du dziewi¿ciu rz¿dów wielko¿ci mi¿dzy dost¿pnymi skalami czasowymi a rzeczywisto¿ci¿ biologiczn¿. Jednak prawdziwy problem ma charakter kulturowy: dziedzina ta po cichu podzieli¿a si¿ na dwa obozy - rygor oparty na fizyce kontra zastosowania biologiczne - bez pogodzenia ich odmiennych standardów dowodowych. Ksi¿¿ka ta ¿ledzi t¿ histori¿, analizuje konsekwencje dla fädowania biäek i odkrywania leków oraz wzywa do powrotu do dyscypliny wyznawanej przez zäo¿ycieli: traktowania kädej symulacji jako hipotezy podlegaj¿cej falsyfikacji, a nie jako zwierciad¿a natury.