BestMasters- Vergleich verschiedener Reaktionskoordinaten in MD-Simulationen anhand der Polypeptide Ala9, YQNPDGSQA und 1enh

Im Rahmen dieser Arbeit werden anhand von Simulationen zweier verschiedener Peptide (Ala9 und YQNPDGSQA) und einem kleinen Protein (1enh) fünf sogenannte Reaktionskoordinaten miteinander verglichen und deren Eignung für zukünftige MD-Simulationen ermittelt. Das Verständnis der Entfaltung von Proteinen ist trotz ausführlicher Experimente noch immer nicht vollständig möglich. Um dieses Defizit zu minimieren, können theoretische Ansätze wie die Moleküldynamik-Simulation (MD-Simulationen) genutzt werden, da dies tiefere Einblicke in den Prozess der Proteinfaltung ermöglicht. Im Rahmen dieser Arbeit werden anhand von Simulationen zweier verschiedener Peptide (Ala9 und YQNPDGSQA) und einem kleinen Protein (1enh) fünf sogenannte Reaktionskoordinaten miteinander verglichen und deren Eignung für zukünftige MD-Simulationen ermittelt. Der Autor Yannik Kasprzak hat seinen Master in Biophysik an der Universität zu Lübeck absolviert. Dort hat er unter der Leitung von PD Dr. Hauke Paulsen im Institut für Physik an Grundlagen der MD-Simulation geforscht. Das Verständnis der Entfaltung von Proteinen ist trotz ausführlicher Experimente noch immer nicht vollständig möglich. Um dieses Defizit zu minimieren, können theoretische Ansätze wie die Moleküldynamik-Simulation (MD-Simulationen) genutzt werden, da dies tiefere Einblicke in den Prozess der Proteinfaltung ermöglicht. Im Rahmen dieser Arbeit werden anhand von Simulationen zweier verschiedener Peptide (Ala9 und YQNPDGSQA) und einem kleinen Protein (1enh) fünf sogenannte Reaktionskoordinaten miteinander verglichen und deren Eignung für zukünftige MD-Simulationen ermittelt.