Modelowanie homologiczne bialek Cry szczepu Bt specyficznych dla muchówek

Przeprowadzono charakterystyk¿ fizykochemiczn¿ 4 biäek Cry i zinterpretowano takie w¿äciwo¿ci, jak masa cz¿steczkowa, pI, EC, AI, GRAVY, sk¿ad aminokwasowy oraz wskänik niestabilno¿ci. Najwy¿sze warto¿ci wskäników GRAVY i AI stwierdzono dla biäka Cry4Aa (0,827) oraz cry2Aa 1 (84,53). W celu charakterystyki funkcjonalnej przeprowadzono przewidywanie motywów, wzorców, mostków disiarczkowych oraz struktury drugorz¿dowej, regionów transb¿onowych i domen biäek Cry. Do modelowania homologicznego (SwissModel i EsyPred3D) w celu przewidzenia struktury 3D wykorzystano cztery sekwencje szablonowe (1I5P, ADL6, 2C9K i 1W99). Wynik LG dla szablonów 1I5P, ADL6, 2C9K i 1W99, przedstawiony w programach SwissModel i EsyPred, wskazywä na wyj¿tkowo dobre dopasowanie modelu. Miejsca aktywne biäka zostäy okre¿lone za pomoc¿ serwera CASTp i mie¿ci¿y si¿ w przedziale 83-239. Powierzchnia i obj¿to¿¿ kieszeni wynosi¿y odpowiednio 422,9-5828 oraz 518,1-3719,2. Walidacj¿ modeli strukturalnych przeprowadzono przy u¿yciu programu PROCHECK. Modele zostäy dodatkowo sprawdzone za pomoc¿ programu WHAT IF. Obie struktury zostäy przeanalizowane przy u¿yciu narz¿dzia ProFunc, które wykazäo, ¿e pe¿ni¿ one ró¿ne funkcje, poniewä charakteryzowäy si¿ odmiennymi strukturami i miejscami aktywnymi. W zwi¿zku z tym struktura odgrywa kluczow¿ rol¿ w okre¿laniu funkcji biäka.